Resumo da 2ª temporada.

A segunda temporada começa a partir do final da primeira. Walt e Jesse, após se juntarem a Tuco, enfrentam um sério problema. A divisão anti-drogas da polícia (DEA) prende toda a gangue de Tuco, deixando-o sozinho. Ele decide então ir trabalhar no México, e força Walter a ir com ele. Jesse e Walter tentam envenenar Tuco, mas seu tio, Hector Salamanca, um senhor que não consegue falar tampouco mexer-se, consegue alertá-lo, botando os químicos na berlinda. Tuco decide matar Jesse, mas é surpreendido por um tiro à queima-roupa. Walt e Jesse vão embora, deixando Tuco morrer de hemorragia. No entanto, Hank aparece, procurando por Walter, e encontra Tuco no chão, baleado. Tuco se ergue e há uma troca de tiros com Hank, na qual Tuco finalmente é morto.
Walt e Jesse optam por continuar com a produção de drogas, já que Walt ainda não atingiu o valor que ele calcula necessário deixar para a família. Skyler desconfia cada vez mais do comportamento suspeito de Walter, mas não dá muita bola, e continua apoiando o tratamento de Walter, junto com seu filho. Hank fica obcecado em encontrar o homem que assumiu o tráfico na cidade, no caso seu cunhado Walter. Mas, quando agindo como traficante, Walter usa um codinome: Heisenberg.
Devido à necessidade de ganhar dinheiro mais rápido, Walt e Jesse criam uma rede de tráfico, o que gerou mais mortes e mais mentiras.

Com o alto fluxo de dinheiro, Jesse alugou uma casa e conheceu uma garota. Jane era uma ex-viciada, bastante semelhante a Jesse. Após se apaixonarem loucamente, tomam a decisão de fugir e deixar tudo para trás. 

Mas uma tragédia acontece. Jane  tem uma recaída e se droga com Jesse, para depois irem dormir. Walter vai à casa para falar com Jesse, e encontra-o deitado na cama com a garota. Ao tentar acordá-lo, com um solavanco, ele empurra Jane, que fica de barriga para cima. Devido à overdose da noite anterior, Jane vomita. Walter observa-a, sem nada fazer, e a garota morre sufocada pelo próprio vômito. Walter vai embora discretamente sem que ninguém saiba que ele esteve lá.

Ao final da temporada, Walter é operado do câncer, o qual é quase totalmente eliminado. Ele continua com a produção e conhece um homem com muita influência no tráfico, Gus Fring. Entretanto, Skyler, após dar a luz a Holly, desabafa sobre as mentiras de Walt, e com o clima tenso, optam por se separar. Jesse entra em uma depressão profunda devido aos acontecimentos e é internado.

A temporada é fechada com um grande acidente de avião sobre os céus de Albuquerque. A causa do acidente é a falha de Donald, controlador de voo e pai de Jane, que voltava ao trabalho após a depressão causada pela morte da filha. Morte causada por Walter. Indiretamente, o professor foi o responsável pelas 167 mortes do acidente.